從衛生學角度來說，無菌灌裝是一種要求很高的灌裝方法。它很初用于藥物生產，但是現在已經越來越多地應用于軟飲料的包裝。無菌包裝可以用來延長敏感性飲料——諸如在常溫條件下銷售的牛奶的保質期。
一條無菌灌裝機生產線必須具備很多條件。首先，它必須配有隔離室、灌裝區域的高壓無菌空氣，以及能形成蒸汽屏障的動力密封裝置。其次，設備在表面光潔度、可疏通性等方面的設計必須符合衛生標準。很后，要有能夠實現包裝和設備表面滅菌的化學技術和方法。
當進行液態藥品的無菌灌裝時，企業必須符合良好生產規范（GMP）的要求。這個標準的主要目標就是使灌裝和封口時空氣中微粒的含量達到很低，而灌裝機的結構設計對將生產區域內的有害微生物濃度維持在很低水平至關重要。
較無菌灌裝要求稍低的是超凈灌裝。對食品和飲料等產品而言，這種灌裝技術也能延長保質期，但不及無菌灌裝的產品的保質期長。此外，超凈灌裝技術的成本比無菌灌裝低。因此，在與無菌灌裝系統的競爭過程中，超凈灌裝機正變得越來越受飲料生產廠家的歡迎。而超凈灌裝機的設計人員也一直在致力于改善他們的產品的衛生安全性。
